慈中書院的教育教學管理全部由慈溪中學負責，任課教師為慈溪中學優秀骨干教師，學生統一參與慈溪中學本部的一些教學和教育活動，適度使用慈溪中學先進的實驗設備;資源共享，同步發展。

學校秉承慈溪中學在其漫長的辦學歷史中積淀下來的優良傳統，并根據書院自己的辦學目標和相應特點，逐步形成獨特的管理體系和教育模式：培養目標個性化——拓寬個性發展空間，實行有差異的分層次教育，使各層次的學生都得到最大限度的發展;試行小班化辦學模式，以滿足社會和家長對小班化教育的需求。教育措施人性化——明確要求，尊重學生，重視疏導，養成氣質;為高校培養和輸送基礎扎實、個性鮮明、氣質高雅、學有特長、富有創新意識的優秀學生。課程設置多元化——建立體現本校特色的課程體系，并充分利用國內外的優質教育資源，與國外名校建立溝通渠道，為愿意直接去國外進行深造的學生創造條件。教學管理生本化——培養學生良好的思維品質和學習習慣，加強基本技能培養和學習方法的指導;科學教育和人文熏陶并重，追求優質高效，激勵自主發展。